اولين اجلاس بين المجالس كشورهاي اسلامي، به منظور تأسيس اتحاديه مجالس كشورهاي اسلامي با پيام مقام معظم رهبري حضرت آيت‏اللَّه خامنه‏اي و سخنان حجت‏الاسلام سيد محمد خاتمي، رييس جمهور، در محل سالن اجلاس سران كنفرانس اسلامي در تهران آغاز به كار كرد. در اين اجلاس سه روزه، رؤسا و هيئت‏هاي پارلماني بلندپايه حدود پنجاه كشور اسلامي به منظور تأسيس سازمان مجالس كشورهاي اسلامي گرد هم آمدند كه از اين ميان، رؤساي مجالس 28 كشور به همراه نايب رئيسان و رؤساي كميته‏هاي خارجي، حضور داشتند. در اين اجلاس، ايران به رياست سازمان مجالس كشورهاي اسلامي انتخاب شد و يكي از مهم‏ترين كارهاي اين سازمان، ارتباط مجالس كشورهاي مسلمان با يكديگر عنوان گرديد. در اين اجلاس، اساسنامه اتحاديه تصويب شد و جمهوري اسلامي ايران به مدت 2 سال به رياست آن دست يافت. اين كنفرانس هر دو سال يكبار در يكي از كشورهاي عضو تشكيل جلسه خواهد داد. شوراي كنفرانس، كميته اجرايي و دبيرخانه، سه نهاد اين اتحاديه مي‏باشد كه دبيرخانه آن در تهران واقع است.